Сохранения Phantom Doctrine лежат стандартно в OC Windows 10 на локальном диске (C:) по такому пути:

C:Users[имя_пользователя]AppDataLocalPhantomDoctrineSaved[id_пользователя]SaveGames

Путь где находятся сейвы Phantom Doctrine в OC Linux:

Steam Play Proton: ~/.steam/steam/userdata/[id_пользователя]/559100/