Сохранения Prototype 2 лежат стандартно в OC Windows 10 на локальном диске (C:) по такому пути:

C:Users[имя_пользователя]DocumentsActivisionPrototype 2

Путь где находятся сейвы Prototype 2 в OC Linux:

Steam Play Proton: ~/.steam/steam/userdata/[id_пользователя]/115320